Structuration géographique de la truite commune (Salmo trutta L.) en France basée sur le séquençage de la région de contrôle mitochondriale 2010

La truite commune (Salmo trutta) est une espèce extrêmement manipulée par l'homme en raison de sa qualité de "poisson roi" de la pêche sportive, spécialement en France.
La pratique ancienne et actuelle du repeuplement à partir de souches de pisciculture est une menace majeure, non pas pour la survie de l'espèce, mais pour sa diversité.
La description de la diversité naturelle et l'estimation de l'impact des repeuplements sont donc deux domaines de connaissances indispensables à la gestion dite patrimoniale, ayant pour but de protéger cette diversité naturelle.
Paradoxalement, nous en connaissons aujourd'hui assez peu sur la structure génétique naturelle de la truite. Les quelques connaissances fractionnées, dispersées dans des milliers de publications sur cette espèce, ne permettent pas de se faire une idée précise au niveau européen.
Le projet GENESALM (2006-2008), poursuivi sous une autre forme jusqu'à aujourd'hui (dont le programme GENETRUTTA à partir de 2011), a pour but de décrire la structure génétique des truites françaises. Déjà le rapport de 2009 (Berrebi et Cherbonnel, 2009) donne une idée plus claire de la structure des populations atlantiques.