Différenciation génétique interbassins des truites corses méditerranéennes

La Corse est un des départements français dans lesquels les analyses génétiques des truites ont été les plus poussées. Entre 1993 et 2017, 207 échantillons ont été analysés soit par les allozymes, soit par l'ADN mitochondrial (ADNmt), soit par les microsatellites.

Un biais important sur le choix de ces échantillons a été volontairement apporté lors des campagnes de pêche: dans la mesure où la Corse possède une lignée de truites exclusive, la truite ancestrale corse (improprement nommée macrostigma), c'est très souvent cette lignée qui a été privilégiée au détriment de l'autre lignée naturelle: la truite méditerranéenne corse. La plupart des campagnes de capture avaient pour but de trouver des populations sauvages corses génétiquement pures.

Selon plusieurs travaux mais spécialement celui de Gauthier et Berrebi (2007), la lignée ancestrale corse (ou plus simplement lignée ou truite corse) était présente sur l'île avant les dernières glaciations (maximum glaciaire -18000 ans).

La lignée méditerranéenne aurait envahi toutes les embouchures des fleuves de l'île pendant et/ou après ces glaciations (estimé à après -15000 ans). Cette invasion aurait provoqué une hybridation tout autour de l'île, sauf en amont des obstacles infranchissables à la remontée, nombreux après le rééquilibrage orogénique dû à la fonte des glaciers.

Il y a donc logiquement des populations hybrides naturelles à l'aval de quasiment tous les fleuves corses. Ces hybridations ont atteint des niveaux de mélange variés, les populations du lit principal du Golu ayant abouti à la presque élimination de la lignée corse.
Afin de pouvoir appliquer une gestion patrimoniale des populations majoritairement méditerranéennes, la Fédération Corse des Associations Agréées de Pêche et de Protection des Milieux Aquatique (FD20) a commandé au bureau d'étude Genome - Recherche & diagnostic (GRD) une méta-analyse des données accumulées depuis près de 25 ans sur ces populations majoritairement méditerranéennes. L'hypothèse de départ est que les populations corses, isolées depuis plus longtemps, sont plus structurées par bassin que les populations méditerranéennes d'arrivée récente. Une faible différenciation interbassins des truites méditerranéennes permettrait une gestion moins rigoureuse que pour la truite corse.

Les échantillons susceptibles de faire partie de cette méta-analyse sont détaillés au Tableau 1. La principale difficulté a été de tenir compte des trois types de marqueurs utilisés, employés successivement suivant les progrès de la science. Actuellement, les microsatellites sont en passe d'être détrônés par les Single Nucleotide Polymorphism ou SNP qui permettront dès 2018 des analyses plus précises: environ 200 SNP au lieu de 6 ou 12 microsatellites, accès aux gènes responsables de l'adaptation, et coût inférieur.
Le but étant de comparer le niveau de structuration génétique interbassin entre truites méditerranéennes et corses, les calculs ne peuvent se faire que marqueur par marqueur: ici une comparaison sera faite sur les allozymes, puis sur les microsatellites (l'ADNmt ne représentant qu'un seul marqueur, donnant simplement l'information ME méditerranéenne ou AD corse, la comparaison n'a pas d'intérêt).