La conservation des souches sauvages de truites en Corse est une mission dans laquelle la fédération, soutenue par ses partenaires (OEC, DREAL, ONCFS, AFB, PNRC, Gendarmerie, ONF et DDTM, ainsi que l’UE lors du LIFE), s’est engagée depuis plusieurs années. Il n’est pas possible de parler de cette thématique sans avoir une pensée émue pour le regretté Bernard Roché, hydrobiologiste, qui a été un des instigateurs de la conservation des truites « nustrale ».  Après la réalisation du programme LIFE (2003-2007), la fédération et ses partenaires ont mis en place différents programmes dits « après-LIFE ». Le dernier en date, couvrant la période 2018-2022, a été validé le 13/11/2017.